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在搜索过程的一开始就考虑参考文献的管理似乎违反直觉，但是在开始搜索之前有好的工具将使整个过程从开始到结束流线化
使用引文管理器将帮助你让你的检索是全面和系统的。你几乎总是要在多个数据库和/或搜索引擎中运行搜索，并且当你这样做时，你将不可避免地得到重复的参考文献副本。如果您必须手动对参考文献进行排序，那么这似乎是一种负担和浪费时间，这样你可能会倾向于不那么全面地搜索。一个引文管理软件，则可以使重复的识别和删除工作变得容易。如果你所在的大学图书馆订阅了某些程序，它们就可以快速链接到文章的全文，如果你已经拥有一篇PDF格式的文章，这种软件将读取元数据或描述性信息，从而从该 PDF 全文中导出参考文献。
引用管理软件也将缓解写作过程,因为他们会与 Microsoft Word, 有时还有其他文字处理软件如 Google Docs 或 LibreOffice 相结合去自动生成引文,并用你选择的任何一种引文风格、在你的文本的适当位置自动插入它, 并且还会在文后的参考文献列表里以正确的格式添加它。
与使用同一个引文管理软件的前提下，大多数项目还允许您与其他人或团队共享部分或全部的参考文献和pdf文件，以便利团队研究，或者能让你与主管或同事共享参考文献。
许多软件都是可用的，但有争议的是研究人员最常用的四个是 EndNote、Mendeley、Sciwheel (正式名称为 F1000workspace)和 Zotero。每个软件针对不同的需求都有各自的优势，您的选择可能受到以下因素的影响:需要离线工作、你需要与之合作的同事们用什么软件、哪些软件可以给你打折或你所工作的研究所可以免费使用哪些软件。记住，如果你决定要切换，将所有的参考文献从一个软件搬到另一个软件是很容易的。
| EndNote Desktop | Mendeley | Sciwheel | Zotero | |
|---|---|---|---|---|
| Cost （费用） | Subscription (possibly free through your institution) 订阅 （通过你所在研究所很有能免费） | Basic account free （主账号免费） | Subscription but free trial (possibly free through your institution) 订阅但是允许免费试用（通过你的研究所可能可以免费） | Free with option to purchase additional storage （免费，可选择付费升级容量） |
| Offline use（离线使用） | online or offline （联机或离线） | online or offline （联机或离线） | online （联机） | online or offline （联机或离线） |
|
Annotation of PDFs? (PDF文档注释) |
yes （有） | yes （有） | yes （有） | no （无） |
|
Word processor （字处理软件） |
Microsoft Word | Microsoft Word, LibreOffice | Microsoft Word, LibreOffice | Microsoft Word, LibreOffice |
|
Deduplication （去重功能） |
yes（有） | yes（有） | yes（有） | yes（有） |
*本图表选自the Compare EndNote, Sciwheel, Mendeley, Zotero: At a Glance guide from the University of North Carolina Health Sciences Library: https://guides.lib.unc.edu/compare-citation.
这些程序都有浏览器插件，可以方便地收集参考文献，并且当你在数据库中搜索时，你可以将选中的参考文献导出到这些程序中。
最佳实践推荐:一定要在你的文献搜索一开始时就选择使用一种参考文献管理软件，并且总是保存你在搜索中找到的所有相关的参考文献。马上就了解这种软件是如何工作的，这样您就可以充分利用它的功能。